کلیسایهای مسیحی موجود در گنجه بخش مهمی از تاریخ کلی این شهر را تشکیل میدهند. در گنجه باستان علاوه بر تعداد زیادی مسجد، کلیساهایی نیز برای عبادت بخش مسیحی جمعیت شهر در دورههای مختلف ساخته شده است. در حال حاضر، ساختمان کلیسای مقدس کیریل و متیود به عنوان تئاتر عروسکی دولتی گنجه و کلیسای مقدس سرگیس به عنوان کتابخانه مورد استفاده قرار میگیرد. کلیسای مقدس یوحنا و کلیساهای دیگر نیز به عنوان آثار تاریخی محافظت میشوند.
بختیار محرماف، مورخ، میگوید: وجود این تعداد کلیسا در گنجه اتفاقی نیست. به گفته او، در شهر و مناطق اطراف آن حدود ۶۰ کلیسا وجود دارد که تقریباً ۱۰ تای آنها در خود گنجه ساخته شدهاند. برخی از آنها در دوران شوروی تخریب شدند و برخی دیگر به عنوان آثار تاریخی حفظ شدهاند. برخی از کلیساهای مذهبی مسیحی در گنجه متعلق به آلبانیاییها و برخی دیگر ارتدوکس بودند. ساخت اولین کلیسای ارتدوکس در شهر با اشغال گنجه توسط روسیه در سال ۱۸۰۴ آغاز شد.
اولین کلیسا با تبدیل مسجد خان به یک کلیسای مسیحی ایجاد شد. مدتی، تا حدود دهه ۵۰ قرن نوزدهم، خانوادههای مقامات و طبقات بالای جامعه در این کلیسا عبادت میکردند. اما از آنجایی که مساحت مسجد خان کوچک بود (فقط ۵ تا ۱۰ نفر از اعضای خانواده حاکم در آنجا نماز میخواندند)، این ساختمان تحت عنوان تعمیرات تخریب شد و به جای آن کلیسای سنت نیکلاس ساخته شد. این کلیسا اولین کلیسایی است که توسط روسها در گنجه ساخته شده است.
این مورخ در مورد کلیسای همنام با برادران کیریل و متیود که در دهه ۵۰ قرن نوزدهم در شهر ساخته شده بود، میگوید:
این کلیسا برای عبادت دانشآموزان مدرسه پسرانه گنجه ساخته شده و به سبک کلاسیک قفقازی ساخته شده است. یعنی ساختمانی مستطیل شکل با سقفی کاشیکاری شده و یک برج ناقوس یا علامت دیگری که نشاندهنده کلیسا بودن ساختمان است. از آنجایی که بخشی که به جای برج ناقوس ساخته شده بود چهار گوش بود و شبیه لوزی وارونه بود، گاهی اوقات به اشتباه به این معبد کلیسای آلمانی نیز میگفتند. در واقع، از آنجایی که هیچگاه جامعه آلمانی در گنجه وجود نداشت، وجود یک معبد مذهبی متعلق به آنها نیز ممکن نبود.
محرماف افزود که افزایش جمعیت مسیحی در گنجه دو قرن پیش نیاز به ایجاد مکانهای جدید عبادت را برای آنها ایجاد کرد اما آن کلیسا نیز نیازهای جمعیت مسیحی رو به رشد گنجه پس از اشغال روسیه را برآورده نکرد و بنابراین تصمیم به ساخت کلیسای جدیدی گرفته شد. حدود سال ۱۸۵۸ کلیسای جدیدی در شهر ساخته شد. اما از آنجایی که مساحت این کلیسا نیز کوچک بود و گنجه به مرکز استان تبدیل شده بود، نیاز به ساخت کلیسای بزرگتری احساس شد. به همین منظور گزارش جامعی به دولت تزاری ارسال شد.
در ابتدا ۵۰ هزار روبل و سپس حدود ۷۰ هزار روبل برای ساخت کلیسای مورد نظر اختصاص یافت. حتی همسر تزار الکساندر دوم نیز جواهرات گرانبهای خود را برای ساخت کلیسا اهدا کرد. سرانجام پس از آمادهسازیهای طولانی، در سال ۱۸۸۷ کلیسای الکساندر نوسکی بر اساس طرح معمار لهستانی پولنسکی ساخته شد. این کلیسا که به سبک کلاسیک ارتدوکس ساخته شده بود، ابتدا تحت نظارت اسقفنشین تفلیس و سپس باکو قرار گرفت. اگرچه فعالیت کلیسا در دوران حکومت شوروی متوقف شد، اما بعداً فعالیت خود را تحت نظر اسقفنشین قفقاز شمالی از سر گرفت.
این مورخ میگوید: قبل از اشغال روسیه توسط روسها، کلیساهای مسیحی آلبانیایی در گنجه فعال بودهاند. کلیسای آلبانیایی که در سال ۱۶۱۲ ساخته شد و اکنون به عنوان ساختمان ارکستر مجلسی مورد استفاده قرار میگیرد، از جمله کلیساهای مسیحی در گنجه است. ساخت این معبد به دودمان زیاداوغلو قاجار، حاکمان وقت گنجه-قرهباغ، مرتبط است.
ویژگی جالب معماری این کلیسا این است که برج ناقوس آن از سنگ ریختهگری ساخته شده است. به عبارت دیگر، آنها یک سنگ کامل را تراشیدند و بر اساس آن برج ناقوس را ساختند. اگرچه تعداد افرادی که قبلاً از این کلیسا بازدید میکردند کم بود، اما در زمان شاهوردی خان، پدر جواد خان، تعداد زیادی آلبانیایی به گنجه مهاجرت کردند و این کلیسا در اختیار آنها قرار گرفت. آلبانیاییها علاوه بر عبادت، جشنهای مسیحی خود (مانند عید پاک، تولد مریم و جشن رسولان) را نیز در این کلیسا برگزار میکردند.
گفته میشود که خود خان نیز در این جشنها شرکت میکرد و حتی گفته میشود که مکانی به نام “ستون خان” در کلیسا وجود داشته است. به طور کلی، در زمان شاهوردی خان، گنجه مدتی به یکی از مراکز کلیسای آلبانیایی تبدیل شد. چندین قبر از کاتولیکهای آلبانیایی در حیاط کلیسا وجود داشت. ویژگی دیگر این کلیسا این بود که جشنهای مربوط به مسیحیت یکطبیعتی معمولاً در آنجا برگزار میشد.
محرماف در مورد کلیساهای دیگری که زمانی در گنجه وجود داشتند نیز صحبت گفت: اگرچه تاریخ دقیق کلیسای واقع در خیابان مختار حاجییف مشخص نیست، اما گفته میشود که از سال ۱۷۴۷ به عنوان کلیسای آلبانیایی فعالیت میکرده است. حتی یک گورستان مسیحی نیز در این منطقه وجود داشته است. اما پس از اشغال روسیه، این کلیسای آلبانیایی به کلیسای ارتدوکس تبدیل شد. برخی منابع نیز از تخریب کلیسا و ساخت کلیسای ارتدوکس به جای آن خبر میدهند. اما نمیتوان صحت این اطلاعات را تایید کرد. این کلیسا در حال حاضر نیمهویرانه است و مورد استفاده قرار نمیگیرد.
علاوه بر موارد ذکر شده، کلیسایی نیز برای بیمارستان نظامی واقع در منطقه ایستگاه راه آهن وجود داشت. از آنجایی که برخی از سربازان زخمی در جنگهای روسیه در گنجه تحت درمان قرار میگرفتند، کلیسای کوچکی برای عبادت آنها در آنجا ساخته شد. این کلیسا نیز مدتی فعالیت داشت و سپس تخریب شد.
