بحث تغییر قدرت در درون طالبان یکی از مباحثی است که هر از گاهی به خصوص در این اواخر مطرح شده است که در نتیجه این تغییر، قدرت رهبر طالبان محدود یا حتی وی برکنار شود. سازماندهی کودتای داخلی، بسیار پر خطر است و این اقدام ممکن است اعدام سازمان دهندگان کودتا و انشعاب طالبان را به همراه داشته باشد. انجام یک کودتا مستلزم وحدت عمل بین ملا برادر، سراج الدین حقانی و ملا یعقوب است که هیچ یک از آنان به دیگری اعتماد ندارد و همچنین مستلزم همکاری چند فرمانده نظامی مهم طالبان با طرح کودتا است. در حال حاضر، احتمال وقوع چنین سناریویی اندک است. یک الگوی تغییر قدرت کم خطر که در حال حاضر توسط برخی از رهبران ناراضی طالبان دنبال میشود اما تحقق آن دشوار است، احیای دوباره «شورای رهبری» است؛ به نحوی که تصمیمها از طریق اجماع در درون شورا اتخاذ شده و سپس به تأیید رهبر طالبان برسد.